吉木萨尔镇红畦村行政区划上隶属于吉木萨尔县，吉木萨尔县隶属于昌吉回族自治州，吉木萨尔镇红畦村的下属街道自然村居委会及其地理管辖范围内的企业事业单位也属于昌吉回族自治州。