巴依托海乡行政区划上隶属于伊宁县，伊宁县隶属于伊犁哈萨克自治州，伊犁哈萨克自治州隶属于新疆维吾尔自治区，巴依托海乡的下属街道自然村居委会及其地理管辖范围内的企业事业单位也属于新疆维吾尔自治区。